Voici l’un des 3 projets préparés pour un dossier de candidature MCF à Dijon dans le laboratoire Biogéosciences.
Projet 3 : Microbiote intestinal de Lobesia Botrana
De nombreuses études1,2 sont menées par l’équipe ECO/EVO sur les relations trophiques mettant en jeu le ravageur de la vigne Lobesia Botrana (ver de la grappe). Une étude très intéressante et s’intégrant très bien aux travaux de l’équipe (notamment les travaux de Philippe Louâpre que j’ai pu contacter) concernerait le microbiote intestinal de L. Botrana. Plus précisément il s’agira de modéliser l’impact de la température et des produits phytosanitaires sur le microbiote intestinal de L. Botrana.
Plusieurs questions seront abordées :
- Quels sont les effets de la température sur le microbiote intestinal de L. Botrana ? Nous pourrons ici par des études en environnement contrôlé sur des élevages au laboratoire simuler un gradient climatique. Nous nous appuierons sur les méthodologies utilisées par l’équipe pour l’étude d’autres modèles29.
- Quels sont les effets des produits phytosanitaires les plus couramment utilisés sur ce microbiote ? Ici aussi nous mènerons des études de laboratoire en s’inspirant des méthodes déjà pratiquées par ECO/EVO.
Ces deux premiers questionnements permettront de connaître la réponse du microbiote, notamment en termes de population et de diversité, mais aussi de fonctionnement (activité microbienne) en réponse aux facteurs température et intrants.
- Quelle est la diversité du microbiote intestinal de L. Botrana constatée sur le terrain ? Cela permettra de savoir si le paysage a un effet sur les populations microbiotiques.
- Comment la composition et le fonctionnement du microbiote impacte les voisins trophiques de L. Botrana ? Le microbiote intestinal peut impacter plusieurs fonctions3,4, sur l’efficacité reproductrice de l’organisme, mais aussi sur son efficacité alimentaire sur le niveau trophique inférieur, ici la vigne. Le microbiote pourrait également jouer un rôle dans la réponse immunitaire de L. Botrana et donc dans ses défenses face aux parasitoïdes comme les trichogrammes. Ici aussi des études de laboratoire pourront être menées, complétées par des relevés de terrain. ECO/EVO étudie déjà la réponse immunitaire du ver de la grappe face à ses parasitoïdes5, une mutualisation des moyens, méthodes et compétences sera mise en place pour ce volet également.
Les élevages au laboratoire pourront être réalisés grâce à la grande expérience de l’équipe (et mon expérience d’élevage d’insectes lors de ma thèse) et aux moyens déjà en place.
Les relevés de terrain seront réalisés par piégeage et collecte, analyse de données satellites pour l’étude du paysage, sur les sites déjà utilisés par le laboratoire en priorité.
Mes connaissances en statistiques inférentielles seront mobilisées pour la constitution des différents modèles. Les paramètres de mesures de la biodiversité, du fonctionnement et de la structure de la population seront à déterminer.
Ce projet apportera des réponses très intéressantes sur le microbiote intestinal d’un ravageur, sujet encore peu étudié surtout sous l’angle des dynamiques induites par le changement climatique. Le projet est d’un intérêt scientifique important pour l’équipe ECO/EVO en complément des études déjà menées et permettra d’améliorer les connaissances théoriques et pratiques sur le ver de la grappe. Ici aussi le projet s’appuie sur mes compétences et expériences, et sur les compétences et moyens du laboratoire, ce qui est un avantage certain pour sa faisabilité.
1 Iltis et al, 2019. doi: 10.1016/j.jinsphys.2019.103916
2 Iltis et al, 2020. doi: 0.1007/s10340-020-01201-1
3Tang et al, 2012. doi: 10.1371/journal.pone.0036978
4Mondy et al, 1998. doi: 10.1016/S0764-4469(98)80006-1
5 Iltis et al, 2018. doi: 0.1007/s10340-018-0992-y